SARSの発生

Jul 05, 2023

Nature Communications volume 14、記事番号: 3334 (2023) この記事を引用

7 オルトメトリック

メトリクスの詳細

重症化のリスクがある新型コロナウイルス感染症患者は、中和モノクローナル抗体（mAb）で治療できる可能性がある。 ウイルスの中和からの回避を最小限に抑えるために、これらは組み合わせとして、例えばカシリビマブ＋イムデビマブとして、または比較的保存された領域を標的とする抗体の場合には個別に、例えばソトロビマブとして投与される。 英国における前例のないSARS-CoV-2のゲノムサーベイランスにより、それぞれカシリビマブ+イムデビマブおよびソトロビマブで治療されたデルタおよびオミクロンの症例における新たな薬剤耐性を検出するためのゲノムファーストアプローチが可能となった。 変異は抗体エピトープ内で発生し、カシリビマブ + イムデビマブの場合、複数の変異が連続した生リードに存在し、両方のコンポーネントに同時に影響します。 表面プラズモン共鳴および偽ウイルス中和アッセイを使用して、これらの変異が抗体の親和性および中和活性を低下または完全に無効にすることを実証し、これらの変異が免疫回避によって引き起こされることを示唆しています。 さらに、いくつかの突然変異がワクチン誘発血清の中和活性も低下させることを示します。

SARS-CoV-2 感染症例は、2019 年 12 月下旬に武漢で初めて報告され 1、このウイルスは急速に 2019 年コロナウイルス感染症 (COVID-19) の世界的なパンデミックを引き起こしました。 2022年6月の時点で、5億人以上の感染者が報告され、600万人以上が死亡しています（https://covid19.who.int/）。 SARS-CoV-2 はプラス鎖 RNA ウイルスであるため、そのポリメラーゼにはある程度の校正能力がありますが、急速に進化し、すでに何千もの変異が確認されています 2。 特定の突然変異は、伝播性を高めたり、自然感染やワクチン接種によって誘発される体液性反応の回避を可能にしたりすることにより、適応度の利点をもたらすことができます。

アウトブレイクが始まって以来、いくつかの懸念される変異種 (VoC) (https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-classifications.html) が世界的に 3、4、5 または地域的に 6 の優勢株として出現しました。 7。 これらの変異体には、ウイルス感染に不可欠な主要表面糖タンパク質であるウイルス スパイクをコードする遺伝子に主に見られる複数の変異が含まれています。 スパイクの受容体結合ドメイン (RBD) は、宿主の ACE2 受容体と相互作用することで宿主細胞へのウイルスの侵入を開始し、強力な中和抗体 (mAb) の主要な標的です。 mAbs は 2 つの異なる方法で RBD を標的とします。ほとんどは RBD の ACE2 結合表面上またはその近傍の領域に結合し、それによって ACE2 とのスパイクの相互作用を防ぎ、感染をブロックします 8,9。その他は非 ACE2 に結合します。これらの mAb は、RBD 上の部位をブロックし、三量体スパイクを不安定化するように機能する可能性があります 10、11、12。

薬物治療は病原体の進化を促進し、有利な変異の迅速な選択と耐性株の出現につながる可能性があります 13。 このプロセスにより、治療が失敗する可能性があります。 そして耐性の拡大は新たな感染の波を引き起こす可能性があります。 mAb は通常、宿主の免疫抑制により感染が持続し、耐性が出現する可能性がさらに高まる脆弱な集団に処方されます (https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/) 1039516/S1430_NERVTAG_Antiviral_drug_resistance_and_use_of_Direct_Acting_Antiviral_Drugs_.pdf)。 突然変異回避を回避するには 2 つの方法が考えられます。 第一に、標的上の異なる部位に同時に結合する治療薬のカクテルが開発される可能性がある。つまり、病原体が逃れるためには2つ以上の変異を進化させる必要があり、逃走の可能性が劇的に減少することになる。 薬物カクテルは、HIV14 や TB15 などの多くの病原体による回避突然変異の生成を防ぐために使用されます。 REGEN-COV は、2 つの完全ヒト非競合 mAb、カシリビマブ (REGN10933) とイムデビマブ (REGN10987) の組み合わせであり、どちらも SARS-CoV-2 RBD の ACE2 結合界面を標的とし、RBD/ACE2 相互作用をブロックする機能を持ちます 16。 インビトロ実験では、この組み合わせが選択された変異体を中和できることが実証されました17 (https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/therapies/anti-sars-cov-2-antibody-products/anti-sars-cov-2-monoclonal-antibodies/) ) 単一コンポーネントを使用します18、19。 以前の報告では、REGEN-COV による治療が前臨床研究とヒト研究の両方でエスケープミュータントの出現につながる可能性は低いことも示唆されています 20。

回避突然変異の発生を防ぐための 2 番目の治療戦略は、突然変異的に制約された高度に保存されたエピトープを標的とする治療法を開発することです。つまり、そのようなエピトープの突然変異は、病原体にとって高い適応性コストをもたらし、選択上の利点を無効にすることになります。 。 ソトロビマブ (VIR-7831/S309) は、SARS-CoV-2 RBD の 343 位の N 結合型グリカンの領域に結合します。 ACE2 結合には干渉しませんが、ウイルスを効果的に中和することができます 21。 このエピトープはクレード 1、2、および 3 のサルベコウイルス (SARS-CoV-1 を含む) のヒトおよび動物分離株の間で比較的よく保存されているため 21、ソトロビマブ (SARS-CoV-1 感染症例から分離された mAb から開発) は、広範囲の中和剤であり、単剤療法としても突然変異回避に抵抗できる可能性があります。 ただし、エピトープは変異の影響を受けやすく、ソトロビマブでは Omicron バリアントの中和が約 6 分の 1 に減少します 5。

この研究では、REGEN-COV (デルタ変異型感染の場合) およびソトロビマブ (オミクロン変異型感染の場合) で治療された患者における薬剤耐性に関連するウイルス変異の検出について報告します。 私たちは英国で SARS-CoV-2 に対して展開されている前例のないゲノム監視の取り組みを利用し、新たな薬剤耐性を検出するためのゲノム アプローチを開発しています (https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/)アップロード/attachment_data/file/1090992/11072022_SARS-CoV-2_Therapeutics_Technical_Briefing_4.pdf)。 私たちは、表面プラズモン共鳴（SPR）を使用してこれらのウイルス変異体の結合挙動を評価し、シュードウイルスアッセイを使用して治療用抗体の中和活性に対するそれらの影響を調べます。 驚くべきことに、デルタ変異体は、それぞれカシリビマブとイムデビマブの標的となる 2 つの異なる部位で変異を獲得し、その結果、カクテルの中和活性に重大な障害が生じることが判明しました。 さらに、Omicron BA.1 変異体は複数の部位で単一の変異を獲得し、ソトロビマブの結合および中和活性を完全に無効にすることが判明しています。 最後に、これらのエスケープ変異体に対するワクチン血清の中和力価は、元の株 (すなわち、デルタまたは BA.1 変異体) と比較して大幅に減少します。

今回の分析には、英国で治療を受け、2022年4月12日までに少なくとも1つのサンプルが採取され、ウイルス遺伝子配列が入手可能であり、感染症がデルタ、BA.1またはBAに分類されたすべての患者が含まれる。 .2。 我々の分析は、治療前に 12,927 人の患者からサンプリングされた 17,284 個の配列で構成されました (表 1、補足表 1)。 主な解析では、患者が治療日から少なくとも10日後にサンプリングされた場合、配列は治療後とみなされた：カシリビマブ+イムデビマブ、モルヌピラビル、ニルマトレルビル+リトナビル（パクスロビッド）、レムデシビルまたはソトロビマブのいずれかで治療された938人の患者からの1627配列。

処理前と処理後の配列間のアミノ酸頻度を比較しました。 治療、バリアント (デルタ、BA.1 または BA.2)、および遺伝子による層別分析。 9 つのアミノ酸残基は、処理前配列と比較して処理後配列で有意な (p < 0.001、片側フィッシャー検定) 頻度変化を示し、選択の証拠の可能性を示唆しています。 治療により発生した置換はすべてスパイク RBD 領域にありました。デルタに感染し、カシリビマブ + イムデビマブで治療された患者では E406D/Q、G446S/V、Y453F、および L455F/S でした。 BA.1に感染しソトロビマブで治療された患者におけるP337R/SおよびE340A/D/K/V、K356TおよびR493Q。 BA.2に感染しソトロビマブで治療された患者におけるE340K（図1）。 モルヌピラビル、レムデシビル、およびパクスロビッドについては、利用可能なデータに有意な (p < 0.001) 変異は観察されませんでした。

a デルタに感染し、カシリビマブ/イムデビマブで治療を受けた患者 (治療前 n = 1557 および治療後 n = 67)、 b BA.1 に感染し、ソトロビマブで治療された患者 (治療前 n = 3221 および治療後 n = 148) -治療)、および c BA.2 に感染し、ソトロビマブで治療された患者 (治療前 n = 1338、治療後 n = 25)。 アミノ酸頻度を、スパイク配列アラインメントの各部位で、処理前および処理後サンプル(処理後少なくとも10日)間で比較しました。 各部位の P 値は片側フィッシャー検定を使用して計算され、発散する値を持つ部位が図の上位に表示されるように、視覚化のために p 値が対数変換および逆変換されました。 多少の変動がある（アミノ酸が 1 つを超える）部位のみが表示されます。 水平線は、p < 0.001、p < 0.0001 などの p 値の閾値を示します。発散頻度 (p < 0.001) を持つ残基は赤色で強調表示され、観察されたアミノ酸変化がテキストで示されます。 各薬物と相互作用することが知られている残基は、図の上部に青と紫で示されています。 図では 9 つの部位が赤色で強調表示されています: E406D/Q (p = 9 × 10−4)、G446S/V (p < 10−16)、Y453F (p = 0.000809)、L455F/S (p = 9 × 10) −6) デルタに感染し、カシリビマブ+イムデビマブで治療された患者。 BA感染患者におけるP337R/S（p < 10−16）およびE340A/D/K/V（p < 10−16）、K356T（p < 10−16）およびR493Q（p = 1.8 × 10−5） .1、ソトロビマブで治療。 BA.2に感染しソトロビマブで治療された患者におけるE340K（p = 0.000369）。 図S1も参照してください。 多重比較に対する調整は行われませんでした。

計算を関連性が確認された 3 つのグループに限定すると、デルタに感染し、カシリビマブ + イムデマブで治療された患者、および BA.1 または BA.2 に感染してソトロビマブで治療された患者 (表 1)、合計 86 例の治療後 (≧ 10 日後) 59/240 (24.59%) の患者からの配列には、少なくとも 1 つの変異が特定されていたのに対し、14/6116 (0.20%) の治療前患者からの 15 の配列 (表 2; p < 10-16、1-フィッシャーテストの側）。 デルタに感染し、カシリビマブ+イムデビマブで治療を受けた患者1,557人のうち、11人（0.70%）が10日後に変異を発現したのに対し、BA.1に感染しソトロビマブで治療を受けた患者は3,221人中46人（1.43%）、1,338人中2人（0.15）であった。 %) BA.2 に感染し、ソトロビマブで治療された患者。これは、2 つの mAb の回避率が同等であることを示唆しています。 治療後の患者 11 人には 1 つ以上の変異があり、カシリビマブ + イムデビマブで治療したデルタ感染患者 3 人は G446V と L455F の組み合わせを有し、1 人は G446S と L455S を有し、1 人は G446V と Y453F を有していました。 私たちは生のリードを検査し、これらすべての患者について、ほとんどの連続する生のリードに両方の変異が存在することを確認しました。 ソトロビマブで治療されたBA.1患者のうち、4人はE340AとR493Qの組み合わせを有し、1人はE340DとR493Qを有し、1人はK356TとR493Qを有した。

分析は、治療後シーケンスの異なる閾値、つまり治療後少なくとも 1 日または 5 日で繰り返されました。 短い間隔を考慮するとデータセットははるかに大きくなりますが、間隔が長くなると信号の強度が強くなり、結果の妥当性が裏付けられました (図 S1)。

私たちのデータセット内で、治療の前後にサンプリングされた配列を持つ患者を検索しました。 我々はデルタ感染症を患い、配列が一致する患者 25 名を発見し、そのうち 7 名が野生型アミノ酸から同定された治療により緊急に生じる置換の 1 つに切り替わった (表 2)。配列が一致した BA.1 患者 49 名のうち、19 名が治療を受けた。緊急交代。 治療前および治療後の配列を持つ 1 人の BA.2 患者は、340 位で E から K に変異していました。

最後に、異なる薬剤で治療したグループで治療中に発生した突然変異がどのくらいの頻度で発生したかを評価しました。 ソトロビマブによる治療を受けていない BA.1/BA.2 患者 (n = 985) では、0.25% に R493Q 変異がありました。 カシリビマブとイムデビマブによる治療を受けなかったデルタ患者（n = 1555）では、0.34% が G446V 変異を持っていました。 これらのグループでは他の変異は見つからず、治療により出現したすべての変異が対応する薬剤に対して高度に特異的であることが示されました。

特定された各変異について、2022 年 9 月以降の英国のゲノム データベースでの頻度を確認しました。 デルタ配列 (n = 763,511) におけるカシリビマブおよびイムデビマブに関連する変異について、英国のゲノム データセット内で以前にリストされた変異の頻度は次のとおりです。 7 E406Q; 163 G446S; 1946 G446V、12 Y453F。 179 L455F; 1L455S。 BA.1 変異体によるソトロビマブ治療後の突然変異の頻度 (n = 742,992) は次のとおりでした: P337R 11 件; P337R 11 件; 32 P337S; 39 E340A; 82 E340D; 52 E340K; 5 E340V; 57 K356T; 1214 R493Q。 BA.2 変異体によるソトロビマブ治療後の変異の頻度 (n = 407,161) は、10 E340K でした。 上記では、治療後（1 日以上）の患者 719 人中 86 人（12.1%）の合計が、特定された変異の少なくとも 1 つを持っていました。 ゲノム監視データセットにおける対象の変異における突然変異の頻度は、わずか 3653/1,862,686 でした (0.20%、処理前データセットの頻度と同一; p < 10−16、片側フィッシャー検定)。

全体として、これらのデータは、治療前グループと比較して、またゲノムデータベース全体と比較して、治療後の配列における突然変異が有意に豊富であることを実証しており、それらが mAb 療法から逃れるために選択された突然変異であることを強く示唆しています。

図 2 は、重要性が高いと判明した変異の位置を示しています。 すべての変異は、SARS-CoV-2 スパイクの RBD で発生します。

a S309 (ソトロビマブ) とドッキングされた Omicron RBD (7TLY) のモデル。 Omicron RBD は、おおよその正面図から灰色の表面として示され、S309 は、重鎖と軽鎖が別々に着色された漫画のリボンとして示されています。 RBD 表面にマッピングされた変異部位はマゼンタで色付けされ、ラベルが付けられています。 b P337、E340、K356 残基パッチと S309 重鎖との間の界面の拡大図。 潜在的な水素結合と疎水性相互作用は緑色の破線で示されています。 c REGEN-COV mAbs カシリビマブおよびイムデビマブとドッキングした Delta RBD のモデルを、おおよその正面図 (左) および背面図 (右) から示しています。 デルタ RBD は灰色の表面として示され、変異部位 E406、G446、Y453、および L455 はマゼンタに色付けされ、標識されています。 d E406、Y453、およびL455とカシリビマブ間の界面の拡大図。 e G446とイムデビマブ間の界面の拡大図。 潜在的な水素結合と疎水性相互作用は緑色の破線で示されています。

図 2a では、ソトロビマブ治療に関連する変異が、Omicron BA.1 RBD とソトロビマブ複合体 (7TLY [https://www.rcsb.org/structural/7TLY]) の構造にマッピングされています 22。 RBD残基337、340、および356が密にクラスター化し、特に抗体重鎖CDR3との相互作用ホットスポットを形成していることに注目してください（図2b）。 CDR3 の W105 および F106 は、RBD の残基 337 および 356 と重要な 4 層の疎水性サンドイッチを形成します (W105:P337:F106:K356)。一方、E340 は、CDR3 のアミド窒素との一連の顕著な相互作用によって CDR3 ループを固定します。残基 104 ～ 106 は、E340 によって絶妙な特異性で覆われた開いたヘリックスとして配置されています。 これは、観察された変異が P337R/S であることを示唆しています。 E340A/D/K/V; K356T はすべて、この結合ホットスポットを破壊します。 対照的に、Q493R はエピトープの遠位、ACE2 フットプリントの端にあるため (図 2a)、この変異が抗体結合に影響を与える明白な理由はありません。

カシリビマブおよびイムデビマブ治療に関連する変異は、L452R 変異 (7ORB [https://www.rcsb.org/structural/7ORB])19 を含むデルタ RBD の構造にマッピングされて図 2c に示されています。カシリビマブとイムデビマブの結合は、報告されているパンデミック初期 RBD (6XDG [https://www.rcsb.org/structural/6XDG]) との複合体の構造、パンデミック初期と Omicron BA.1 RBD の間の Cα 位置の RMSD から推測されます。は 1.16 Å であり、この推論が安全であると確信しています)。 観察された変異は、RBD の表面上の 2 つの領域に分類されます。 位置 406、453、および 455 は、カシリビマブ重鎖の CDR1 の下にあるネック領域 8 の後ろに集まって相互作用の巣を形成しています (図 2d)。 これらの変異は、この抗体の結合に影響を与えると予想されます。 対照的に、G446はイムデビマブの軽鎖CDR2のN57およびY59に対してしっかりと存在し（図2e）、観察されたG446S / V変異などのより大きな側鎖へのあらゆる変化は結合を無効にすることが期待されます。

我々は、同定されたエスケープ変異体からのスパイクを発現する偽型レンチウイルス 23 のパネルを構築しました (図 3)。 偽ウイルス中和アッセイでは、デルタ + G446V 変異体に対するイデビマブの活性が完全にノックアウトされる一方、カシリビマブはデルタ + Y453F (16 分の 1)、デルタ + L455F (17 分の 1) およびデルタ + L455S (155 倍)、野生型デルタ変異体と比較 (図 3A、C)

A REGEN-COV mAb を使用した、示されたデルタ変異体の疑似ウイルス中和曲線。 Omi-12 A VH1-58 mAb との比較が行われます。Omi-12 A VH1-58 mAb は、REGEN-COV 処理後に見つかった変異の影響を受けません。 データは平均値±SEMとして表示されます。 n = 2 生物学的に独立した実験。 B BA.1 ソトロビマブ変異体のシュードウイルス中和曲線。 データは平均値±SEMとして表示されます。 n = 2 生物学的に独立した実験。 C、D 中和は、A、B に示す中和の平均 IC50 ± SEM 力価です。

カシリビマブはデルタ + G446V 変異体に対して完全な活性を維持し、イムデビマブはデルタ + Y453F およびデルタ + L455F/S 変異体を強力に中和することができたため、カシリビマブとイムデビマブの組み合わせは、これらすべての単一変異体に対して中和効力を保持しました。 しかし、デルタ + G446V + Y453F およびデルタ + G446V + L455F の複合変異は、インデビマブの中和活性の完全なノックアウトを引き起こしただけでなく、カシリビマブ活性の深刻なノックダウンも引き起こしました。 その結果、カシリビマブ + イムデビマブの中和力価は、Delta+G446V + Y453F に対して 1097 倍、Delta+G446V + L455F に対して 318 倍減少しました。 これは、上記の単一のデルタ RBD 配列上で一緒に発生するこれらの変異のペアの発見と一致します。

中和に対する観察された効果がRBD / mAb相互作用の変化に直接起因していることを確認するために、表面プラズモン共鳴（SPR）によってmAbとRBD変異体の親和性を測定しました（図S2、S3、表3A）。 この分析は、G446V 変異によりイムデビマブの結合がほぼ消失し、その間にカシリビマブの結合親和性がわずかに低下 (1.8 倍) することも示しました (表 3A)。 L455S、E406D、および E406Q の単一変異は主にカシリビマブに影響を与えます。 SPR分析では、デルタ+L455S、デルタ+E406D、デルタ+E406Qに対するカシリビマブの親和性がそれぞれ369倍、20倍、38倍減少していることが示されました。 カシリビマブの中和力価は、これら 3 つの変異体に対してそれぞれ 65 分の 1、2 分の 1、および 12 分の 1 に減少しました (図 3C、表 3A)。 しかし、イムデビマブは影響を受けなかったので、カシリビマブとイムデビマブの組み合わせはこれらの変異体に対する強力な中和活性を保持しました。

興味深いことに、変異の組み合わせではカシリビマブ結合の減少に対する相加効果が見られ、G446V + Y453F では親和性が全体で 347 倍減少し、G446V + L455F では 192 倍減少しました。 予想通り、デルタ + G446V + Y453F およびデルタ + G446V + L455F へのイムデビマブの結合はほぼ完全に損なわれました。 全体として、二重変異の獲得により、REGEN-COV 体制に対する感受性が大幅に低下しました。

BA.1 変異 P337R/S および E340A/D/K/V は、ソトロビマブによる中和の完全なノックアウトにつながりました (図 3B、D)。 BA.1 + R493Q (武漢野生型への復帰) も治療後に出現した変異として同定されましたが、ソトロビマブの中和活性に対する明らかな影響は観察されませんでした。 BA.1 + P337R/S および BA.1 + E340A/D/K/V の RBD の発現に成功し、ソトロビマブとの結合を調べることができました (図 S3)。 ソトロビマブの親和性は、野生型 BA.1 RBD と比較して 1951 倍から 20241 倍減少しており、これらの変異体がソトロビマブの中和に耐性がある理由を説明しています (表 3D)。

中和アッセイは、Pfizer-BioNtech ワクチン BNT162b224 の 3 回目の投与から 28 日後に得られた血清を使用して実施されました (図 4)。 BNT162Bを3回投与した後、野生型デルタと比較して、デルタ+G446V+Y453Fおよびデルタ+G446V+L455Fでそれぞれ1.9倍および1.5倍の減少が観察されました(p<0.0001)。 一方、BA.1 + P337S、BA.1 + E340K、および BA.1 + K356T では、野生型 BA.1 と比較して、それぞれ 2 倍、1.2 倍、および 3.8 倍の減少が見られました (p < 0.0001、p = 0.0082 および p < 0.0001)。

デルタ REGEN-COV 誘発変異および BA.1 ソトロビマブ誘発変異の IC50 逆数血漿希釈力価を、祖先株ビクトリア、デルタおよび BA.1 の力価と比較します。 力価の幾何平均を各列の上に示します。 Wilcoxon 対応ペア符号付き順位検定を分析に使用し、両側 P 値を計算しました。 異なる色は異なる疑似ウイルスを示し、グラフの下に示されています。

現在優勢なSARS-CoV-2オミクロン変異株に感染した人は、以前の変異株と比べて重症化し入院する可能性が低いことが示されている。 しかし、依然として多くの人が重篤な疾患に苦しんでおり25、感染やワクチンによって誘発される免疫レベルが低い集団ではこの割合が高くなる可能性があります。

現在の死亡率は 2020 年よりもはるかに低いですが (https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/articles/coronaviruscovid19latestinsights/deaths)、2022 年 6 月の時点で、毎年 300 人以上が新型コロナウイルス感染症で死亡しています。英国内では 1 週間 (https://coronavirus.data.gov.uk/details/deaths)。 ワクチン接種によって適切な免疫反応を獲得できない人、またはワクチン接種が推奨されない人は、特にリスクが高くなります。 慢性的な新型コロナウイルス感染症に苦しむ傾向にあるこの脆弱な集団こそが、治療的または予防的にモノクローナル抗体療法を受ける対象となります。 英国では、免疫抑制状態にある最もリスクの高い臨床サブグループがこれらの治療の対象となります（https://www.gov.uk/government/publications/higher-risk-patients-eligible-for-covid-19-treatments-independent） -中和モノクローナル抗体の使用を考慮する場合の、諮問グループレポート/sars-cov-2による市中感染時の最も高いリスクの臨床サブグループの定義)。

市販の抗 SARS-CoV-2 治療用 mAb は、新型コロナウイルス感染症 1926,27 の効果的な治療法であることが示されていますが、さまざまな研究で、Omicron 変異体に対する中和活性の大幅な低下または完全なノックアウトが報告されています 5,22,28,29。 ソトロビマブがオミクロン BA.2 を効果的に中和できないことが示されたため、2022 年 4 月に FDA は、BA.2 が優勢な変異種となったため、ソトロビマブが新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の治療に認可されなくなったと発表しました (https://www.fda.gov) /drugs/drug-safety-and-availability/fda-updates-sotrovimab-emergency-use-authorization)、英国ではソトロビマブはもはや広く使用されていません。

最近の研究では、デルタ変異体はソトロビマブで治療された患者において P337L/T および E340K/A/V 耐性変異を発症することが報告されました 30。 今回我々は、ソトロビマブ治療を受けた患者におけるBA.1エスケープ変異の同定を報告する。 P337 および E340 残基で発生する変異に加えて、新規の K356T 変異も特定しました。 これらの変異はソトロビマブの結合を無効にし、したがってソトロビマブの活性を中和します。 Q493R も見つかり、これは初期のパンデミック ウイルスと BA.4/5 に見られる配列への復帰です。 この変異はソトロビマブのフットプリントの遠位にあり、抗体結合には影響を及ぼさないが、ACE2に対する親和性を高めることが報告されており(Wang et al., 2022)、抗体結合から逃れるのではなく、受容体結合の改善が選択の原動力である可能性があることを示唆している。 。 これらの観察は、たとえ薬剤がサルベコウイルス間で比較的保存されているエピトープを標的としたとしても、単剤療法は新たな変異体の影響を受け、治療中に出現した耐性を誘発する可能性が高いことを示唆している。

単剤ソトロビマブとは対照的に、重複しないエピトープを標的とする 2 つの mAb の組み合わせを含む REGEN-COV レジメンは、変異回避に対する耐性がより高いと予想されます。 実際、以前の研究では、REGEN-COV が in vitro だけでなく in vivo の動物およびヒトの研究でもエスケープミュータントの出現を効果的に防止できることが示されています 18,20。 しかし、私たちの詳細な研究では、二剤併用 REGEN-COV による治療により、一部の人では REGEN-COV の両方の成分の結合を同時に損なう変異のペアを獲得するデルタ変異体が発生し、最大 1000 件の感染につながることが観察されました。中和力価の-倍の減少。 私たちが特定したすべての変異は、スパイクタンパク質内のあらゆる潜在的な変異の影響がテストされたマッピング演習で予測されていました。 この研究により、E406W 変異を持つシュードウイルスが両方の REGEN-COV 化合物から逃れることができることが明らかになりました 31。 この突然変異は、私たちの小さなデータセットでは発生しませんでした。 このアミノ酸の変化には 2 つのヌクレオチドの変化が必要です。 ただし、その部位での単一ヌクレオチドの変化が特定され、重要であることが判明しました。

ウイルスが治療中にどのようにして複合耐性変異を獲得できたのかは不明であるが、数カ月間持続するSARS-CoV-2感染に苦しむ可能性がある免疫不全患者では、ウイルスの進化が加速していることが記録されており、変異は主にRBDで見つかっている。およびスパイクの他の領域32。 可能性の1つは、REGEN-COVの1つの成分に耐性のある変異を保有するウイルスが、カクテル治療の前にそのような患者にすでに出現していた可能性があり、その薬が2番目の変異の選択を促し、治療全体の障害を引き起こし、おそらく加速した可能性があるということである。ウイルスの組み換えによって。 加速されたウイルス進化が傍観者効果（例えば、受容体結合の調節によって引き起こされる突然変異）を介して脱出を促進した場合、これは、より保存された領域で結合する中和抗体を見つけようとするための追加の議論となる可能性がありますが、増加した受容体親和性が選択されることがわかっています比較的保存されたエピトープに結合するソトロビマブで治療された一部のBA.1感染患者では、 しかし、REGEN-COV治療を受けている患者では、単一のエスケープ変異を持つウイルスが確認されました。 効果的な併用療法では、これらの変異体は成分の 1 つによって中和されます。 これは、例えば体の特定の部分におけるバイオアベイラビリティの制限または差異により、mAb の濃度が in vivo で望ましいレベルに到達できず、ウイルスが耐性を獲得するのに好ましい環境を作り出しているのではないかという疑問を引き起こします。 患者のサンプルは、治療前の内因性中和をテストするために利用できませんでした。

エスケープを軽減する最も簡単な方法は、おそらく、非競合 mAb のより複雑なカクテルを使用することです。実際、そのような組み合わせは、最大 11 回の連続継代を通じて抗ウイルス効力を維持できることが示されています 20。 モノクローナル抗体と抗ウイルス薬を組み合わせたり、生物学的利用能を高めるための正しい用量を使用しながら、患者プロフィールに基づいて臨床アプローチを考案したりすることも別の選択肢です。 特に慢性感染した免疫不全の場合には、mAb 療法の投与前に変異体の遺伝子型解析を行うことも重要である可能性があります 33。 しかし、新型コロナウイルス感染症の治療を処方された患者は通常、同日に治療を開始するため、臨床使用するにはサンプリングと配列分析の間の所要時間を大幅に短縮する必要がある。

最後に、ワクチン血清の中和力価が、2 つの異なるウイルス変異体の両方の治療計画から進化したエスケープミュータントに対して低下したことは懸念されます。 治療用途に選択された mAb は SARS-CoV-2 RBD 上の重要な中和エピトープを標的としているため、これはまったく驚くべきことではありません。 mAb 療法が新たな感染性の高い変異体の生成を促進できるかどうかは明らかではありません。 インビトロ中和を使用した我々の研究では、これらの変異体が一般集団にどの程度適合するのかは示されていません。 また、治療を受けた極めて少数の患者における mAb による逃避が、毎日数百万件の感染が発生し、ますます自然に曝露されたり、感染したりしているパンデミック全体で起こっていることと比較して、新規変異体の生成を著しく加速させる可能性は低いように思われます。ワクチン接種を受けた集団では、抗体回避に対する選択圧力がすでに極度に高まっています。 実際、ほとんどの選択圧は抗体圧によって引き起こされるものではなく、ウイルスが連続感染中に進化するにつれて未治療の個人に発生しますが、このプロセスは抗体の治療効果の損失にもつながる可能性があります。 それにもかかわらず、数か月間、場合によっては1年以上ウイルスを保持していることが記録されている慢性感染者に対するmAb療法の反復的かつおそらく一貫性のない使用は注意深く監視する必要があり、治療アドヒアランスに重点を置く必要があります。 ウイルスが変異する可能性があるからといって、ワクチンや治療などの臨床介入の導入を思いとどまるべきではありません。介入によって重篤な感染が予防され、全体の症例数が減少し、新たな変異体の出現の可能性が低くなります。 治療後の配列データセットと治療後に出現した突然変異の潜在的な伝播の分析は、英国保健安全庁によって定期的に実施され、オンラインで公開されています（https://www.gov.uk/government/publications/covid-19-therapeutic） -エージェント-技術ブリーフィング) により、治療中に発生した変異を迅速に検出し、必要に応じて対応します。

私たちの結果は説得力がありますが、私たちの研究にはいくつかの限界があります。 我々は in vitro 中和アッセイを使用しましたが、in vivo での mAb の中和能は過小評価されている可能性があります。in vivo では、抗体依存性の細胞媒介細胞毒性と補体の影響により活性が増加する可能性があります。 さらに、in vitro システムを使用した場合、mAb 療法によって選択されたエスケープ変異が自然感染における天然ウイルス変異体と競合するのに適しているかどうかを判断することはできません。 時間の経過に伴うマイナーバリアントの頻度の変化を調べるために深い配列データを調べたわけではありません。私たちの配列はコンセンサスリードです。 私たちの単一アミノ酸アプローチは、大規模な分析ではそれほど重要ではないが、治療上緊急の置換をすでに1つ開発している患者では重要である可能性がある代償性突然変異を見逃す可能性があります。 今後の研究では、患者内のウイルス変異の集団動態を調査し、縦断的分析を使用して低頻度の変異を特定し、選択の強さを推定する必要がある。 感染期間や慢性免疫不全などの臨床データとの関連付けは、耐性の予測因子を特定するのに役立ちます。 ウイルス量と臨床データは入手できませんでした。 この研究では、宿主防御に寄与し、突然変異による影響が少ない T 細胞については調査されていません。

要約すると、我々はここで、mAb で治療された患者から分離されたウイルスの突然変異変化を実証します。 ソトロビマブまたは REGEN-COV で治療された患者の変異プロファイルは著しく異なり、変異はデルタまたは BA.1 RBD 上の mAb の結合部位にマッピングされます。 対応する変異により mAb のスパイク RBD への結合が損なわれ、中和力価が低下します。 REGEN-COV の場合、驚くべきことに、ウイルスは抗体カクテルの両方の成分を回避するために変異のペアを進化させます。

2019 年コロナウイルス病 (Covid-19) の検査とワクチン接種の監視は、機密の患者情報を収集するために、2002 年の医療サービス (患者情報の管理) 規則の規則 3 に基づいて実施されます (www.legislation.gov.uk/uksi/2002/1438/)規制/3/作成。新しいタブで開きます）、セクション 3(i)(a–c)、3(i)(d) (i) および (ii)、および 3. ゲノム監視研究プロトコル (https:/ /www.gov.uk/government/publications/covid-19-genomic-surveillance-of-patients-who-are-treated-with-neutralising-monoclonal-antibody-or-immunosuppressed）は、UKHSA による内部審査の対象となりました。 England Research Ethics and Governance Group によって評価され、すべての規制要件に完全に準拠していることが判明しました。 規制上の問題は特定されず、この種の作業には倫理審査が必須ではないことを考慮すると、完全な倫理審査は必要ないと判断されました。 私たちはインフォームドコンセントを取得しておらず、参加者への補償も提供していません。

2020年4月、英国はSARS-CoV-2ゲノムサーベイランスの国家プログラムを確立し、これを通じて地域社会や病院の集団陽性者の無作為サンプルから採取したウイルスの配列を定期的に解析した34。 さらに、病院や地域社会で治療を受けている人々の配列決定範囲を強化するためのプロトコルが導入されました（治療前およびフォローアップサンプリングを含む）。 治療中の患者は、COG-ID を通じて遺伝子配列と関連付けられていました。 今回の分析には、英国で治療を受け、2022年4月12日までに少なくとも1つのサンプルが収集され、ウイルスの遺伝子配列が入手できたすべての患者が含まれる。 治療後のデータセットがすでに小さく、ウイルスの進化における性別による違いが予想されなかったため、研究デザインでは性別や性別を考慮せず、年齢、性別、性別を取得するために患者情報をさらにリンクすることもしませんでした。

現時点で全国民に実施された 5 つの治​​療介入には、カシリビマブ/イムデビマブ、ソトロビマブ、モルヌピラビル、レムデシビル、パクスロビド (ニルマトレルビルとリトナビル) が含まれていました。 各患者について利用可能なデータには、サンプルの日付、治療介入/治療、および治療の日付が含まれます。

英国のゲノム監視ネットワーク全体で生の SARS-CoV-2 配列データとサンプル関連メタデータを収集および処理するために使用されるパイプラインについては、以前に説明されています 35。 サンプリング サイトのネットワーク (病院や検査センターを含む) がサンプルとサンプル メタデータを生成します。 ほとんどの臨床サンプルは鼻/中咽頭ぬぐい液でしたが、鼻咽頭吸引液、気管支肺胞洗浄液、喀痰サンプルも収集されました。 一部のサンプリングサイトでは独自のシーケンスを実施しました。 それ以外の場合は、地域の配列決定センターまたはウェルカム・サンガー研究所に接続されていました。 地域のシーケンスセンターには、学術機関、研究所、公衆衛生機関が含まれます。 この原稿で分析された配列はすべてピラー 1 を通じて生成されました。つまり、NHS 全体で収集され、迅速な処理のためにサンプルサイトまたは大学の研究室で処理されました。 配列決定センターはサンプルを抽出して配列決定します。 正確なシーケンス手順はサイトによって異なりますが、大部分のサイトは ARTIC プロトコル (https://www.protocols.io/view/ncov-2019-sequencing-protocol-v3-locost-bp2l6n26rgqe/v3) に準拠しており、イルミナまたはオックスフォード ナノポア テクノロジー プラットフォームのいずれかです。 ARTIC バイオインフォマティクス パイプライン (https://github.com/connor-lab/ncov2019-artic-nf) は、SARS-CoV-2 配列データをコンセンサス配列と、SARS-CoV-2 に合わせて配列された配列読み取りフラグメントのアラインメントに変換します。参照ゲノム (NCBI NC_045512.2)。 COVID 系統は Pango v1.336 を使用して割り当てられました。

治療を受けたことが知られている患者からのすべての配列は CLIMB からダウンロードされました。 ゲノムアライメントは遺伝子領域 (スパイク、nsp5、nsp7、nsp8、nsp9、nsp10、nsp12、nsp14) に分割され、分析のためにアミノ酸に翻訳されました。 相互作用すると理論づけられているタンパク質について、各治療ごとに分析が行われました。 分析は変異体 (Delta、Omicron BA.1、および Omicron BA.2) ごとに分割され、デルタ亜系統 (B.1617.2 およびすべての AY 系統) はすべてデルタとして分類されました。 したがって、各分析は、対象となるすべての治療法、変異体、および遺伝子領域の組み合わせに対して独立して実施されました（表S1）。

治療前配列とは、治療開始前 1 週間以内 (治療開始日を含む) に配列決定されたサンプルを用いて患者から得られたものです。 治療後少なくとも 1、5、10、または 14 日後にサンプリングされた場合のみ治療後シーケンスを含む、治療後シーケンスを定義するためのカットオフ範囲で分析を繰り返しました。 私たちの主な分析では 10 日のカットオフが使用され、1、5、および 14 日が感度分析として表示されます。 分析ごとに、データセットを処理前と処理後のシーケンスに分割します。 アラインメントの各部位で、処理前と処理後の配列でアミノ酸頻度が計算され、フィッシャーの直接確率検定を使用して、この確率分布がヌル期待値から逸脱するかどうかが判定されました。 このようにして、アミノ酸頻度に予想外の違いを示す部位が特定され、特定のアミノ酸の変化が強調表示されます。 解析は配列レベルではなく患者レベルで行われたため、患者に治療前または治療後の配列が複数ある場合は単一の配列が保持され、野生型から分岐した配列が優先されました。

2021 年 9 月以降のすべての Delta (n = 763,511)、BA.1 (n = 742,992)、および BA.2 (n = 407,161) 配列は CLIMB からダウンロードされ、社内スクリプトを使用してアミノ酸に翻訳され、タンパク質に分割されました。 分析で特定された各アミノ酸部位について、アミノ酸頻度が表にまとめられ、読み取り可能なアミノ酸を含む配列の総数の割合として計算されました。

RBD-mAbs 複合体の構造モデルは、7ORB [https://www.rcsb.org/structural/7ORB] (L452R を含む RBD) と Omicron RBD (7TLY [https://www.rcsb.org/structural) の重ね合わせによって生成されました。 /7TLY]）と RBD-casirivimab/imdevimab (6XDG [https://www.rcsb.org/structural/6XDG]) および RBD-sotrovimab (7BEP [https://www.rcsb.org/structural/7BEP]) の複合体]) をそれぞれ、プログラム SHP37 を使用して RBD ドメインを調整します。 カシリビマブ/イムデビマブとドッキングした 7ORB [https://www.rcsb.org/structural/7ORB] RBD およびソトロビマブとドッキングした Omicron RBD のモデルを抽出し、Coot38 を使用して薬物相互作用部位で分析しました。 分子グラフィックス画像は、UCSF ChimeraX39 を使用して生成されました。

ファイザーワクチン血清は、BNT162b2 ワクチン (Pfizer/BioNTech) を 3 回接種したボランティアから入手しました。 ワクチン接種者は、オックスフォード大学病院NHS財団トラストに拠点を置く医療従事者で、SARS-CoV-2への感染歴は知られておらず、オックスフォード・トランスレーショナル胃腸科ユニットGIバイオバンク研究16/YH/0247の一環としてOPTIC研究に登録されていた。 [ヨークシャーおよびハンバー - シェフィールドの研究倫理委員会 (REC)] は、2020 年 6 月 8 日にこの目的のために修正されました。この研究は、ヘルシンキ宣言 (2008 年) および調和に関する国際会議 ( ICH) 適正臨床基準 (GCP) ガイドライン。 研究に登録したすべての参加者について書面によるインフォームドコンセントが得られました。 参加者は、ファイザー/バイオエヌテック BNT162b2 mRNA ワクチン 30 マイクログラムの 3 回目の追加免疫投与後、約 28 日後 (中央値 31、範囲 28 ～ 56) にサンプリングされ (各 0.3 mL)、希釈後に筋肉内投与され、投与間隔は 17 ～ 28 日でした。ワクチン接種者の平均年齢は42歳（範囲30～59歳）、男性10名、女性9名でした。

祖先株（ビクトリア、デルタおよびBA.1）のSARS-CoV-2スパイクタンパク質を発現するシュードタイプレンチウイルスは、いくつかの修正を加えて以前に記載されたように構築されました29、40。 同様の戦略がすべてのバリアント構築物に適用されました。 Delta および BA.1 をテンプレートとして使用し、ベクターとインサートの PCR 増幅、その後の Gibson アセンブリによって構築物をクローン化しました。 挿入断片を生成するために、すべての個々のバリアントの重複するプライマーを個別に使用し、pcDNA3.1 ベクターの 2 つのプライマー (pcDNA3.1_BamHI_F および pcDNA3.1_Tag_S_EcoRI_R) とともに増幅しました。 pcDNA3.1 ベクターも、pcDNA3.1_Tag_S_EcoRI_F および pcDNA3.1_BamHI_R プライマーを使用して増幅されました。 この研究で使用したプライマーペアを補足的に示します（表S2）。 すべての構築物は、QIAGEN Miniprep キット (QIAGEN) を使用してプラスミドを単離した後、サンガー配列決定によって検証されました。 得られたスパイク遺伝子を搭載したpcDNA3.1は、レンチウイルスパッケージングベクターおよびルシフェラーゼレポーターをコードするトランスファーベクターとともに、シュードウイルス粒子の生成に使用されました。

偽ウイルス中和試験の詳細は、いくつかの修正を加えて以前に説明されました 19,40 。 簡単に説明すると、10 μg/ml から開始して各 mAb の 4 倍連続希釈物を偽ウイルス粒子とともに 37 °C、5% CO2 で 1 時間インキュベートしました。 次に、ヒト ACE2 を発現する安定した HEK293T/17 細胞 (ATCC、CRL-11268) を 1.5 × 104 細胞/ウェルで混合物に加えました。 形質導入の48時間後、培養上清を除去し、1×PBS中の1:2 Bright-GloTM ルシフェラーゼアッセイシステム（Promega、米国）50μLを各ウェルに加えた。 反応物を室温で5分間インキュベートし、CLARIOstar (BMG Labtech、Ortenberg、Germany)を使用してホタルルシフェラーゼ活性を測定した。 中和のパーセンテージは、対照と比較して計算されました。 プロビット分析を使用して、最大シュードタイプレンチウイルス感染の半分を阻害する希釈値 (PVNT50) を推定しました。 この研究に含まれた抗体は、イムデビマブ (Regeneron)、カシリビマブ (Regeneron)、およびソトロビマブ (GSK) でした。 ワクチン血清の中和活性を測定するために、ニートサンプルから開始する 3 倍段階希釈物を偽ウイルス粒子とともに 1 時間インキュベートし、mAb と同じ戦略を適用しました。 シュードウイルスの生成に使用されるプライマー配列を表 S2 に示します。

RBD の His タグ付きコンストラクトを生成するには、デルタまたは BA.1 シュードウイルス プラスミド コンストラクトをテンプレートとして使用して部位特異的 PCR 変異誘発を実行するか、目的の RBD 変異体を含むシュードウイルス プラスミド コンストラクトを RBD の増幅用のテンプレートとして使用しました。遺伝子の断片。

各RBDのクローニングに使用したテンプレート、プライマーおよび発現ベクターを表S3に示し、プライマー配列を表S4に示します。

クローニングは、ClonExpress II One Step Cloning Kit (Vazyme) を使用して実行されました。 構築物は、ＱＩＡＧＥＮ Ｍｉｎｉｐｒｅｐキット（ＱＩＡＧＥＮ）を使用してプラスミドを単離した後、サンガー配列決定によって検証した。

RBD をコードするプラスミドを PEI によって Expi293F™ 細胞 (Gibco、A14527) にトランスフェクトし、FreeStyle™ 293 Expression Medium (ThermoFisher) 中で 30 °C、8% CO2 で 3 日間培養しました。 馴化培地を結合緩衝液（５０ｍＭリン酸ナトリウム、５００ｍＭ塩化ナトリウム、ｐＨ８．０）中で１：２に希釈した。 RBD を 5 mL HisTrap ニッケルカラム (GE Healthcare) で His タグ結合により精製し、続いて Superdex 75 10/300 GL ゲル濾過カラム (GE Healthcare) を使用して 10 mM HEPES および 150 mM 塩化ナトリウム中で精製しました。

表面プラズモン共鳴実験は、Biacore T200 (GE Healthcare) を使用して実行されました。 すべてのアッセイは、HBS-EP (Cytiva) のランニングバッファーを使用して 25 °C で実行されました。 プロテインAセンサーチップ(Cytiva)を使用した。 示されているように、mAb はセンサー チップのサンプル フロー セル上に固定化されました。 参照フローセルはブランクのままにしました。

結合速度論を決定するために、シングルサイクル速度論プログラムを使用して、RBD を 2 倍連続希釈によって調製した 5 つの濃度範囲で 30 μl min-1 の流速で 2 つのフローセルに注入しました。 バックグラウンド減算に同じプログラムを使用して、ランニング バッファーも注入されました。 Biacore T200 評価ソフトウェア 3.1 を使用して、すべてのデータを 1:1 結合モデルにフィッティングしました。 結合親和性（速度論の決定が困難な場合）を決定するために、RBD を 2 倍連続希釈によって調製した濃度範囲で 30 μl min-1 の流速で 2 つのフローセルに注入しました。 バックグラウンド減算に同じプログラムを使用して、ランニング バッファーも注入されました。 すべての KD データは、Biacore T200 評価ソフトウェア 3.1 を使用して 1:1 結合モデルにフィッティングされました。 数値は GraphPad Prism 9 を使用してプロットされました。

インデビマブの Delta RBD + G446V / Delta RBD + G446V + Y453F/Delta RBD + G446V + L455F と Delta RBD WT の間の結合プロファイルを比較するために、2 つのフローセル上に RBD を 1 μM、流量で 1 回注入しました。 30 μl min−1 の速度。 バックグラウンド減算に同じプログラムを使用して、ランニング バッファーも注入されました。 センサーグラムは Prism9 (GraphPad) を使用してプロットされました。

研究デザインの詳細については、この記事にリンクされている Nature Portfolio Reporting Summary を参照してください。

この研究で生成された試薬は、完了した物質移転契約とともに David Stuart から入手できます。 この研究で生成された SARS-CoV-2 のゲノム データは Genbank に寄託されました。 ID のリストは補足データ 1 に提供されます。すべての図のソース データはソース データ ファイルとして提供されます。 配列 ID に関連付けられた個人レベルの臨床治療に関する情報は、患者の秘密保持の理由からアクセスが制限されていますが、個人は、Meera Chand [email protected] に送信される合理的な研究提案書を提出することでアクセスを取得できます。データ共有契約の署名。

分析は、github (https://github.com/manonr/covid-therapeutics) で入手可能な一連のスクリプトを通じて実行されました。 この研究で使用されたコードのバージョンへの永続リンクは、https://github.com/manonr/covid-therapeutics/releases/tag/v.1.0-2023-01 で入手できます。

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変異間の関連性を確認するために生のリードを検査してくれたアンドリュー・バルマー氏、英国保健安全庁のゲノミクス公衆衛生分析チーム全体と新型コロナウイルス感染症治療プログラムに感謝します。 SARS-CoV-2 ウイルスと配列のサンプリング、配列決定、処理に携わったすべてのチームに感謝します。 研究のために献血していただいたボランティアの皆様に感謝いたします。 この研究は、中国医学科学院 (CAMS) 医科学イノベーション基金 (CIFMS)、中国 (助成金番号: 2018-I2M-2-002) によって DIS および GRS に支援されました。また、Red Avenue からの支援にも感謝しています。財団とオーク財団。 GRS と J.Ren は Wellcome Trust (101122/Z/13/Z)、DIS と EEF は UKRI MRC (MR/N00065X/1) によってサポートされています。 DIS、SJD、GRS はジェンナー捜査官です。 PK は NIHR の上級研究員であり、Wellcome (WT109965MA) によってサポートされています。 SJD は、NIHR グローバル研究教授制度 (NIHR300791) によって支援されています。この研究は、PITCH (医療従事者における T 細胞から Covid-19 への防御免疫) コンソーシアムの一環として英国保健社会福祉省と UKRI ( MR/W02067X/1)、英国コロナウイルス免疫学コンソーシアム (UK-CIC)、フオ・ファミリー財団、国立衛生研究所を通じた UKRI/NIHR からの寄付による (UKRIDHSC COVID-19 迅速対応ローリングコール、助成金参照番号 COV19) -レックプラス）。 MRC ヒト免疫学ユニットのスタッフの Biacore 施設へのアクセスに感謝します。 我々は、英国医学研究評議会と国際開発省からの共同センター資金提供（MR/R015600/1）を認めます。 この研究は、国立衛生研究所モデリング方法論健康保護研究ユニット、アブドゥル・ラティフ・ジャミール財団、および欧州連合が支援する EDCTP2 プログラムによっても支援されています。

これらの著者は同様に貢献しました: Manon Ragonnet-Cronin、Rungtiwa Nutalai、Jiandong Huo、Aiste Dijokaite-Guraliuc、Gavin R. Screaton、Sakib Rokadiya。

ゲノミクス公衆衛生分析、英国保健安全庁、ロンドン、英国

マノン・ラゴネット＝クローニン、ナタリー・グローブス、ハッサン・ハートマン、ニコラス・エラビー、J・マーク・サットン、コリン・ブラウン、スーザン・ホプキンス、ミーラ・チャンド、サキブ・ロカディヤ

世界感染症分析センター、インペリアル・カレッジ・ロンドン、ロンドン、イギリス

マノン・ラゴネ=クロン著

オックスフォード大学ナフィールド医学部、ウェルカム人類遺伝学センター、オックスフォード、英国

ルンティワ ヌタライ、アイステ ディジョカイテ グラリウク、ラクシャ ダス、アエカチャイ トゥエクプラコーン、ピヤダ スパサ、チャン リウ、ムニーズワラン セルヴァラージ、ジュタティップ モンコルサパヤ、ギャビン R. スクリートン

オックスフォード大学ナフィールド医学部、ウェルカム人類遺伝学センター、英国オックスフォードの構造生物学部門

ジャンドン・フォ、モハマド・W・バハール、ダーミン・ジョウ、エリザベス・フライ、ジンシャン・レン、デヴィッド・I・スチュアート

中国医科学アカデミー (CAMS) オックスフォード研究所 (COI)、オックスフォード大学、オックスフォード、英国

チャン・リウ＆ダミン・ジョウ

オックスフォード大学ナフィールド医学部、オックスフォード、英国

ポール・クレナーマン & スザンナ・J・ダナチー

オックスフォード大学病院 NHS 財団トラスト、オックスフォード、英国

ポール・クレナーマン & スザンナ・J・ダナチー

オックスフォード大学、英国オックスフォード、トランスレーショナル消化器病学ユニット

ポール・クレナーマン

NIHR オックスフォード生物医学研究センター、オックスフォード大学、オックスフォード、英国

ポール・クレナーマン & スザンナ・J・ダナチー

マヒドル・オックスフォード熱帯医学研究ユニット、バンコク、タイ、オックスフォード大学医学部、オックスフォード、英国

ジュタティップ・モンコルサパヤ

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この研究はMRC、SR、GRS、DISが考案した。 MRC は治療後の分析を実施しました。 NG は英国のゲノム監視分析を実施しました。 RN、AD-G.、RD、AT、PS、CL、MS、DZ、JH が実験を実施、JH、JM、MC が実験を計画、PK と SJD が PITCH の一環としてワクチン血清採取のための OPTIC 研究を監督コンソーシアム。 MB、JR、EF、DIS は構造解析を実行しました。 NG、HH、NE、MS、CB、SH、SR の配列データを分析しました。 MRC、GRS、JH、DIS が原稿の初稿を執筆しました。 著者全員が最終原稿を確認し、承認しました。

マノン・ラゴネット＝クローニン、ジャンドン・フォ、デヴィッド・I・スチュアート、ギャビン・R・スクレアトン、またはサキブ・ロカディヤとの通信。

GRS は GSK ワクチン科学諮問委員会のメンバーであり、アストラ ゼネカの顧問を務めており、RQ バイオテクノロジーの創設メンバーでもあります。 DISはアストラゼネカのコンサルティングを行う。 残りの著者は競合する利益を宣言していません。

Nature Communications は、この研究の査読に貢献してくれた Anmol Chandele と他の匿名の査読者に感謝します。

発行者注記 Springer Nature は、発行された地図および所属機関の管轄権の主張に関して中立を保っています。

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転載と許可

Ragonnet-Cronin、M.、Nutalai、R.、Huo、J. 他。 モノクローナル抗体療法による SARS-CoV-2 回避変異の生成。 Nat Commun 14、3334 (2023)。 https://doi.org/10.1038/s41467-023-37826-w

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受信日: 2022 年 10 月 6 日

受理日: 2023 年 4 月 3 日

公開日: 2023 年 6 月 7 日

DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-023-37826-w

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